《文化苦旅》自1992年出版以来，遭遇的文化争议非常之多，针对此书的批判文章不计其数，甚至还有人出版了专门的书籍来批判，给他扣上了“虚假”、“余孽”等帽子。余秋雨在《序言》中说：“对我来说，《文化苦旅》带给我的麻烦难以计数，它不小心成了当时罕见的一个文化热点，而它又不具备任何权力背景，因而立即转化成社会舆论的攻击焦点。”对于所有的批判争议，包括一些打着文化旗号的诽谤，余秋雨二十多年来一直没有回应。此次重新出版《文化苦旅》，余秋雨本着对文化负责的态度，理性地回应了持续二十年的争议。当然，他并非花笔墨浪费在对诽谤的反驳上，也没有控诉这些年他们夫妻俩的遭遇，他只是讲了自己真实的经历，用笔说清楚了中国文化的千年脉络、万里对比，借此希望中外读者对二十年来由 “联欢”和 “联谤”组成的文化二元结构产生一点怀疑，开始认识到那未必是中国文化的真正魂魄。

    新版内容与旧版相比，全新和改写的篇目达到三分之二以上。新版删掉旧版37篇文章中的13篇，新增文章17篇，其中入选教材的《道士塔》、《莫高窟》、《都江堰》等经典篇目全部经过改写、修订。诸如新的《牌坊》一文，余秋雨运用以往罕用的剧情写法，将“烈女与空墓”这一线索大加渲染，将一个原有的文化反思篇章用新颖的悬疑笔法，脱化成一个意蕴繁复的戏剧故事；而《道士塔》新篇，作家运用大胆想象和适时的“穿越”，将敦煌经卷的命运植入现代性拷问，运用更丰富的史料和更恢弘的思索，走出了20年前作家国族情怀的简单回旋，使得著名的“王道士”故事视野更宽阔，历史合理性更令人信服。余秋雨在序言里说：“在读了很多很多书，经历了很多很多灾难之后，我终于蓦然醒悟，发现一切文化的终极基准，人间是非是最后衡定，还是要看山河大地。从此，我的脚步再也不会蹈空凌云，我的文笔再也不会高谈阔论，我的思绪再也不会离开苍原苍生。”

    新版的另一个用意是为区别盗版。余秋雨说：“《文化苦旅》盗版的数量至少是正版的十八倍，即便是我的朋友们，也都捧着我的盗版书，信着我的假生平，听着我的假传闻，却又宽容了我。我自己连解释一句都觉得不好意思了。”而今，余秋雨以新版里的真实信息来证明了那些盗版书里的虚假内容。